El desarrollo económico de la Habana se debió, en gran medida, a su ubicación geográfica, que la convirtió en uno de los principales nodos comerciales del Nuevo Mundo. Desde el inicio, la ciudad encontró una fuente de enriquecimiento en la industria azucarera y la trata de esclavos, y posteriormente cuando Cuba logró su independencia, se transformó en un famoso destino vacacional. A pesar de los esfuerzos que el gobierno de Fidel Castro ha dedicado a llevar la producción industrial a todos los rincones de la isla, la Habana continúa siendo el centro de una gran parte de la producción nacional industrial. La tradicional industria azucarera, que durante tres siglos ha sustentado la economía isleña y que actualmente controla las tres cuartas partes de las exportaciones del país, está distribuida en otras localidades. Pero es en la Habana donde están concentradas muchas de las instalaciones de la industria ligera, envasadoras de productos cárnicos e industrias químicas y farmacéuticas. Otras importantes industrias situadas en la Habana son las plantas de elaboración de alimentos, los astilleros, plantas de ensamblaje de vehículos, productoras de bebidas alcohólicas (especialmente el ron), industrias textiles y de productos del tabaco, especialmente de los famosos Habanos, un producto de renombre internacional. Aunque los puertos de Cienfuegos y Matanzas se han desarrollado bajo el gobierno revolucionario, la Habana continúa siendo el puerto principal de Cuba: 50 % de las importaciones y exportaciones pasan por la ciudad. Este puerto además sustenta una industria pesquera considerable.

A raíz del colapso de la Unión Soviética en 1991 y la intensificación del embargo estadounidense contra Cuba, la Habana y el resto del país experimentaron su peor crisis económica desde el triunfo de la revolución en 1959. A esta crisis se le denominó oficialmente el Período Especial en Tiempo de Paz. Los efectos del Período Especial y la consecuente escasez de alimentos han tenido sus repercusiones más serias en la ciudad de la Habana. Esta ciudad, con una población de unos 2,5 millones de habitantes (alrededor de un quinto de la población total del país), es la ciudad más grande del Caribe. Además de la disminución en la producción de alimentos necesarios para abastecer a la capital cubana, La Habana sufre también la escasez de petróleo, necesario para transportar, refrigerar y almacenar la comida proporcionada por el sector agrícola rural. La Habana ha sido designada como prioridad del Programa Nacional de Alimentos y la agricultura urbana ha sido una de las medidas tomadas para aumentar la seguridad alimenticia de la ciudad. A partir de la caída de la Unión Soviética, Cuba nuevamente reanimó la industria del turismo, que es actualmente la principal fuente económica de la Habana y de toda Cuba. Además en la década de 1980 se construyó en el oeste de la ciudad un Polo Científico con instituciones del sector de la Biotecnología, que con un alto valor agregado exportan productos tales como medicamentos, equipos y vacunas, que compiten con homólogos de los países más desarrollados en este sector. La ciudad cuenta con un sector de servicios en ascenso, se han establecido sucursales de todo tipo, desde autos como Peugeot o Mercedes-Benz, hasta de famosas marcas de perfumeria y modas como Dolce & Gabbana, Zara o Benetton, lo que ha hecho renacer antiguas arterias comerciales como el Boulevard de San Rafael, Galiano o la Calle Obispo.